En 1972, con acuerdo de la Compañía de Jesús, se creó la Asociación Civil Instituto San Luis Gonzaga, formada por padres y madres de los alumnos que asumieron la responsabilidad de continuar el proyecto educativo ignaciano. Desde 1996 conformaron también la Asociación Civil docentes y ex alumnos. Con la modificación de estatutos de 2016, los docentes y empleados de la institución dejan de ser parte la asociación, y permanecen ex alumnos, padres activos, padres colaboradores, docentes jubilados y miembros de la Compañía de Jesús.
La Comisión Directiva de la Asociación Civil delega en el Rector del Colegio la conducción de la misión educativa y acompaña para asegurar el cumplimiento de la misma.
